Am 27.1949 wurde die DSU (Deutsche Schiffahrts-und Umschlagszentrale, Stralsund) als Vorläufer der VEB Weiße-Flotte, Stralsund gegründet. Hintergrund war die Enteignung von privaten Fahrgastreedereien zu volkseigenen Verwaltungsorganen. Der gesamte Güter- und Personenverkehr auf den Wasser- und Binnenwasserstraßen war fortan der DSU unterstellt. Nach dem Zweiten weltkrieg wurden zunächst an der Ostseeküste noch farütüchtige Einheiten zum Einsatz gebracht. Dazu hählten neben der SOWJETFREUNSCHAFT (1895) auch die ILSE (1913) und die  STRELASUND (1900).

Zum 01.01.1957 wurde der VEB Fahrgastschiffahrt Stralsund „Weiße Flotte“ mit Sitz in Stralsund gegründet. Diese Reederei sollte den Ausflugs- und Liniendienst an der damaligen DDR-Ostseeküste übernehmen und einzelne Autofährstellen auf Rügen und auf der Warnow betreiben. Zentral waren dabei die Liniendienste zwischen stralsund und Hiddensee sowie nach Rügen. 1957 besaß die Weiße Flotte sieben Schiffe: ALTEFÄHR (1923), DEUTSCH-SOWJETISCHE FREUNDSCHAFT (1895), BREEGE (1913), MÖWE (19??), DORNBUSCH (1895), WIKING (1950) und ELDENA (1909). Im gleichen Jahr kamen mit der STUBNITZ (1905), GRANITZ (1906) und LUDIGSBURG (1915) drei weitere Einheiten hinzu. Fast alle Schiffe der Reederei waren bereits zu diesem Zeitpunkt recht betagt und mussten modernisiert werden. Darüber hinaus wurde ein Neubauprogramm angeordnet. Die neue Schiffsklasse erhielt erweils den Namenspräfix „SEEBAD“. Zwischen 1957 und 1964 wurden insgesamt sechs Einheiten von der VEB Schiffswerft Edgar André aus Magdeburg/Rothensee abgeliefert. Diese Schiffe versahen den Dienst zu den Inseln Hiddensee, Rügen und Usedom sowie den Bäderverkehr, unternahmen aber auch Fahrten in See. Parallel dazu gab es zu Beginn der 60er Jahre ein zweites Neubauprogramm. Diese kleineren Einheiten mit dem Präfix „SEE-“ wurden vor allem in den Binnengewässern und zu Hafenrundfahrten bzw. zu kurzen Ausflugsfahrten an der Küste eingesetzt. Typschiff waren SEEADLER und SEEFALKE (beide 1962). Im Jahr 1963 umfasste die Flotte insgesamt 36 Schiffe, inklusive Frachtschiffe und Autofähren.

Am 01.01.1990 entfiel der Reedereizusatz VEB, das Unternehmen wurde als neugegründete Weiße-Flotte GmbH, Stralsund privatisiert. Zunächst wurden einige Linien mit den Bestandsschiffen weiterhin bedient, doch die Flotte bedurfte dringend einer Modernisierung. 1991 wurde das Unternehmen über die Berliner Treuhandanstalt dann von der Förde Reederei Seetouristik aus Flensburg übernommen, wird jedoch seither als eigenständiges Tochterunternehmen betrieben. Hauptsächlich hatten es die westlichen Bieter auf die Linienkonzessionen abgesehen. Viele der ehemaligen Schiffe wurden veräußert, die Flotte wandelte sich stark. Auf Initiative der Flensburger kamen nun die OSTSEE (1964) und die FRITZ REUTER (1981) als erste westliche Einheiten zum Einsatz. Die Flotte für den Hiddenseeverkehr wurde gänzlich ersetzt. Auf den Ankauf der Autofähre VITTE (1968) folgte eine Neubauserie von Boddenkreuzern. Seit 1995 wurde der Liniendienst zwischen Stralsund bzw. Schaprode und Hiddensee ausgeliedert und hierfür die Reederei Hiddensee GmbH gegründet. Seit 2014 betriebt das Unternehmen vier Elektrofähren auf den Fährlinien F1 bis F4 in und um Berlin. Zwischen 2014 und 2020 setzte die Weiße Flotte zudem Schiffe zu Ausflugsfahrten von der Autostadt in Wolfsburg aus über den Mittellandkanal ein.  Im Jahr 2016 wurde die Reederei Kipp übernommen und in die Weiße Flotte eingeliedert, die vor allem den Verkehr von Breege nach Hiddensee versah, aber auch einige andere Routen zwischen Hiddensee, Rügen und dem Greifswalder Bodden bediente. Die SEEBAD JULIUSRUH (1992) und die WAPPEN VON BREEGE (2005) gingen in den Flottenbestand über. 

Noch heute versieht die Weiße Flotte den Ausflugsverkehr von Stralsund aus sowie von einigen Häfen auf Rügen, Hiddensee und dem Darß.