Die Gründung und Entwicklung der Reederei Baltrum-Linie ist in großem Maße mit der Inselgeschichte und der Entwicklung des Fremdenverkehrs auf Baltrum verbunden.Bereits im Jahr 1900 ist das Angebot einer „Lustfahrt“ von Neßmersiel nach Baltrum bekannt. In den Folgejahren entwickelte sich der Fremdenverkehr zur Insel, der zunächst von Norddeich aus abgewickelt wurde. In den 1920er Jahren organisierten Baltrumer Kapitäne den Passagierdienst zunächst eigenständig: Kapitän Onno R. Ulrichs befuhr mit Segelboot „MÖWE“ die Strecke zwischen Baltrum und Neßmersiel, daneben kam das kleine Motorboot SEELUST zum Einsatz. 1927 wurde von der Firma Wagenborg Passagierdienste in Delfzyl ein 1915 gebautes Fahrgastschiff erworben, welches den Namen BALTRUM I erhielt. Ein Jahr später gründeten die drei Baltrumer Kapitän Ulrich Albers, Schiffer Ulrich Meyer und Maschinist Johann Küper die Reederei Baltrum-Linie. 1931 fusionierte die Baltrum-Linie mit der Firma des Fährschiffers Onno R. Ulrichs und seines Kompagnons Georg Küper. 1932 wandelten die Eigner die bisherige Betreiberfirma in die Offene Handelsgesellschaft „Baltrum-Linie Küper, Meyer, Fischer & Co.“ umgewandelt. Von diesem Jahr an bot die Reederei zwei regelmäßige Fährverbindungen an: Die Strecke Baltrum – Norddeich (in den Sommermonaten) und Baltrum – Neßmersiel (ganzjährig).

Im Jahr 1935 beauftragte man die Werft Jos. L. Meyer in Papenburg mit dem ersten eigenen Neubau, der BALTRUM II. Es folgten weitere Neubauten und somit der langsame Ausbau bzw. die Modernisierung der Flotte. Seit 1970 firmiert das Unternehmen unter dem Namen Reederei Baltrum-Linie GmbH & Co. KG. 1979 gründet die Reederei Baltrum-Linie gemeinsam mit der Reederei AG Norden-Frisia die Entsorgungsreederei GmbH mit Sitz in Norden/Norddeich. Kerngeschäft der Entsorgungsreederei ist die Müllentsorgung der ostfriesischen Inseln Juist, Norderney und Baltrum mittels Absetzcontainern, die per LKW verladen werden. Die Strecke für den Personenverkehr zwischen Norddeich und Baltrum wurde im Jahr 1986 eingestellt, sodass Baltrum ausschließlich von Neßmersiel bedient wird. Zusätzlich werden Ausflugsfahrten zu den Nachbarinseln angeboten. Im Juli 2020 übernahm das Unternehmen das Passagierschiff DOLLARD und betreibt dieses in Eigenregie weiterhin auf dessen Stammstrecke, der Dollard-Route, zwischen Ditzum, Emden und Delfzijl. Mit der Indienststellung der BALTRUM V im Jahr 2022 hat man ein Frachtschiff in Dienst gestellt, dass die Option bieten soll, auch überregional an der ganzen Küste für Charteraufträge eingesetzt werden zu können.