Die FRS Helgoline ist eine 100%ige Tochter der in Flensburg beheimateten FRS Gruppe. Erfahrungen im Helgolandverkehr sammelte bereits die KG Seetouristik durch die Übernahme des Verkehrs zwischen Hamburg, Cuxhaven und Helgoland mit der WAPPEN VON HAMBURG (1965) im Jahr 1984. In den 1990er Jahren weitete die aus Förde-Reederei und KG Seetouristik fusionierte Förde Reederei Seetouristik ihre Verbindungen zur Hochseeinsel Helgoland mit verschiedenen Katamaranen wir dem HANSE JET (1996) und dem BALTIC JET (1997) aus. Im Jahr 1999 übernahm die FRS die WAPPEN VON HAMBURG und im gleichen Jahr eine Beteiligung am CAT NO. 1 (1999). Drei Jahre später folgte zur Probe der Einsatz des Katamarans FLYING VIKING (2002) zwischen Hamburg, Cuxhaven und Helgoland. Da sich das Schiff bewährte, bestellte die FRS für die folgende Saison den Nachbau HALUNDER JET (2003), der seither auf dieser Relation zum Einsatz kam. Im Jahr 2004 wurden die WILHELMSHAVEN (1963) und die HELGOLAND (1962) sowie die Routen zwischen Wilhelmshaven und Helgoland bzw. Bremerhaven und Helgoland von der Reederei Warrings übernommen. Dazu gründete die FRS zwei neue Reedereien, die Wilhelmshaven-Helgoland-Linie GmbH & Co. KG gemeinsam mit der AG Reederei Norden-Frisia und die Bremerhaven-Helgoland-Linie GmbH & Co. KG.

Nach dem Verkauf der Seebäderschiffe WILHELMSHAVEN, HELGOLAND im Jahr 2004 und der Außerdienststellung der WAPPEN VON HAMBURG Ende 2006 stellte sich die FRS im Helgolandverkehr  neu auf. Die 50% der Anteile an der Wilhelmshaven-Helgoland-Linie übernahm die AG Ems aus Emden, die Bremerhaven-Helgoland-Linie wurde eingestellt. Dafür wird der Helgolandverkehr der FRS seither offiziell unter dem Dach der Helgoline vermarktet. Als Ersatz für die WAPPEN VON HAMBURG auf der Route zwischen Cuxhaven und Helgoland charterte man seit 2007 jährlich von April bis Oktober die ATLANTIS (1972) der Reederei Cassen Eils ein. Ausschließlich in der Saison 2007 wurde zudem die KLOAR KIMMING (1972) der Reederei Adler-Schiffe eingechartert, um den Bremerhaven-Verkehr zu übernehmen. Nach einer unbefriedigenden Saison wurde dieser gänzlich eingestellt. Seit dem Verkauf der ATLANTIS Ende 2015 verfügte die Helgoline nur noch über eingecharterte Katamarane. 2017 wurde der HALUNDER JET verkauft und durch einen Neubau ersetzt. Im Jahr 2020 wurde aufgrund der Corona-Beschränkungen der Beförderungszahlen die SAN GWANN (2001) eingechartert. Die FRS Helgoline betreibt mit dem zweiten HALUNDER JET (2018) weiterhin die Linie zwischen Hamburg, Cuxhaven und Helgoland.