Gegründet wurde die Reederei von der Förde-Reederei Gmbh, Flensburg und der KG Seetouristik, Lübeck zum 1. Januar 1993. Der Grund für die Zusammenarbeit war die schon sehr frühe fast „freundschaftliche“ Zusammenarbeit, die man jetzt nach Außen hin abrundete. Durch die Neugründung wurde es auch möglich, eben der Rømø-Sylt-Linie GmbH (heute FRS Syltfähre GmbH & Co. KG) auch die Reederei Weiße-Flotte von der Treuhand zu übernehmen. Neubauten folgten später für die Weiße-Flotte, Geschäftsbereiche der Fähren im Sylt-Verkehr, die Ausflugsfahrten in Nord- und Ostsee wurden fortan von Flensburg aus koordiniert. Der Schiffspark wurde durch Charterschiffe in Spitzenzeiten ergänzt. 1995 beteiligte sich die FRS dann an der Elbe-City-Jet GmbH, die mit Katamaranen den Verkehr zwischen Hamburg und Stadersand versah. Der Helgolandverkehr wurde seit 2004 stufenweise ausgegliedert. In diesem Jahr wurden die Tochterfirmen Wilhelmshaven-Helgoland-Linie GmbH in Kooperation mit der Reederei AG Norden-Frisia und Bremerhaven-Helgoland-Linie GmbH gegründet. Zudem war die FRS am CAT No. 1 beteiligt. Der Helgolandverkehr von Cuxhaven wurde seit 2007 durch die neu gegründete Tochterfirma FRS Helgoline GmbH & Co. KG durchgeführt.

Mittlerweile verkehren einige Fahrgastschiffe für die Norddeutsche Binnenreederei GmbH, die diese wiederum an die unterschiedlichen Tochterfirmen verchartert. So gehört auch die Reederei Kipp zur Unternehmensgruppe, wie die Reederei Zingst. 2017 kehrte die FRS nach Hamburg zurück und bot mit der KLEINE FREIHEIT (1992) Hafenrundfahrten an. Im Jahr 2020 wurde die Elbfähre Glückstadt Wischhafen GmbH & Co. KG übernommen und seitdem als FRS Elbfahre GmbH & Co. KG weitergeführt. 2021 expandierte das Unternehmen nach Portugal, wo mit dem ehemaligen Schiff der Weißen-Flotte, der HANSEBLICK (2009), unter dem Dach der FRS Portugal Hafenrundfahrten in Lissabon durchgeführt werden. Heute operiert die FRS weltweit in unterschiedlichen Geschäftszweigen, wobei hier nur die Inselfähren und Ausflugsschiffe berücksichtigt werden.

Quellen: Gert Uwe Detlefsen u.A. (2000) Vom Dampfboot zum Katamaran. Die Geschichte der Flensburger Fördeschiffahrt und aller Tochterfirmen; FRSworld.de