Am 1.6.1952 kam es zur Gründung der gesonderten Abteilung „Schiffsdienst und Inselbahn Wangerooge“ (SIW) der Deutschen Bundesbahn (DB). Unterstellt wurde der Schiffsbetrieb dem Bundesbahn Maschinenamt in Oldenburg einem Teil der Bundesbahndirektion in Münster. Aus diesem Grund führten die Schiffe auch den Heimathafen Oldenburg. Übernommen in den Schiffdienst wurden das Motorschiff MÜNSTER (1944) und der Dampfer WANGEROOGE (1906) aus dem Bestand der Deutschen Reichsbahn. Der erste Neubau für die SIW war die OLDENBURG (1958). Der tideabhängige Fährverkehr unterliegt dem Hochwasser, der einen festen Fahrplan nicht zulässt. Um den stetig ansteigenden Fahrgastzahlen in den späten 60er und 70er Jahren gerecht zu werden, wurden in den Sommermonaten viele Charterschiffe eingesetzt. Sonderfahrten von und nach Bremerhaven, Wilhelmshaven, Helgoland und den benachbarten Inseln wurden durch eigene Schiffe durchgeführt. In den Jahren 1976 und 1977 wurde diverse Testfahrten von gecharterten Neubauten anderer Reedereien durchgeführt, um einen eventuellen eigenen Neubau zu bestellen. Ein geplanter modifizierter Neubau der BALRTUM V (1977) wurde verworfen. Im Jahr 1980 wurde die SIW direkt der Bundesbahndirektion Hannover unterstellt, die 1982 die HARLINGERLAND (1979) in Bareboatcarter in Dienst stellte. Mit dem Verkauf der WANGEROOGE (1960) im November 1984 war somit kein DB-eigenes Schiff mehr im Fährdienst. Der als „Schnellschiff“ gebaute HARLE JET (1984) bewährte sich nicht und wurde nicht langfristig eingechartert. Der letzte Neuzugang war 1985 die WANGEROOGE der Reederei Warrings, die wiederum in Barboatcharter in Dienst gestellt wurde. Im Jahr 1997 wurde die Inselbahn einhundert Jahre alt und am 1. Januar 2002 erfolgte die Eingliederung in die DB-Autozug GmbH. Ein im April 2005 geplanter Verkauf der SIW wurde (auch) nach Protesten auf Eis gelegt. Zum 1. April 2008 wurden nach fast 50 Jahren der Seebäderdienst nach Helgoland aufgegeben. Die Ausflugsfahrten zu den Seehundsbänken werden durch die von der Reederei Norden-Frisia gecharterte JENS ALBRECHT III (1935) übernommen. 2021 wurde mit dem Boot WATT SPRINTER er Entwicklung an der ostfriesischen Küste nach flexiblen Schnellverbindungen Rechnung getragen. Dieses wurde jedoch selten eingesetzt. 2023 entstand in Kooperation mit der AG Ems aus Emden eine größere Einheit, die ebenfalls den Namen WATT SPRINTER trägt und ergänzend zu den größeren Fähren als Express-Fähre zwischen Harlesiel und Wangerooge verkehrt.