1986 übergab Kurt Paulsen die Reederei an seinen Sohn Sven, der bis heute Geschäftsführer des Familienunternehmens ist. Nach der Wende dehnte die Reederei 1992 ihr Tätigkeitsgebiet auch auf die Ostsee aus. Fortan wurde die Insel Usedom mit den Seebädern Bansin, Heringsdorf und Ahlbeck durch die ADLER VIII und Mitte der 1990er durch die neu angekaufte ADLER XI (1966) mit Swinemünde verbunden. 1993 kam mit der ADLER-EXPRESS eine gänzlich neue Einheit hinzu. Mit Deutschlands schnellstem Einrumpffahrgastschiff zu dieser Zeit konnten nun täglich zwei Umläufe von Nordstrand über Hooge, Gröde und Amrum nach Hörnum und wieder zurück durchgeführt werden. Auf dieser Strecke ist das Schiff bis heute im Einsatz. 1996 wurde die Verbindung zwischen Altwarp und Neuwarp/Polen eröffnet. Durch das Duty-Free-Angebot wurde das idyllische und verschlafene Fischerdorf nun tagtäglich von mehreren Schiffen der Reederei angelaufen. Nach und nach entstand auch in der Ostsee eine beachtliche Flotte: Weitere deutlich größere Einheiten wurden angekauft, hierunter die ADLER CLIPPER (1973), ADLER POMERANIA (1985), ADLER POLOINA (1979), ADLER GERMANIA (1966), ADLER PRINCESS (1989), ADLER VINETA (1981) und DANIA (1980).

Ferner erweitere die Reederei ihr Portfolio insofern, als dass längere Ausflugs- und Eventfahrten an der gesamten Küste und auch auf Flüssen in den Fokus rückten. 1999 wurde der Raddampfer FREYA (1905) erworben. Zunächst in List auf Sylt eingesetzt, wechselte das Schiff 2001 nach Kiel, von wo es bis heute Fahrten in den Nord-Ostsee-Kanal ebenso anbietet wie Charterfahrten. Auch auf maritimen Events wie der Kieler Woche, der Hanse-Sail, der Sail Bremerhaven oder dem Hamburger Hafengeburtstag ist die FREYA bis heute anzutreffen. Auch die ADLER PRINCESS wurde in dieses Konzept eingegliedert, befuhr jedoch zusätzlich die Stör, Weser, Hunte und auch den Nord-Ostsee-Kanal. 1999 wagte das Unternehmen einen außergewöhnlichen Versuch: Die beiden „Boeing Jetfoi“ High-Speed Schiffe ADLER BLIZZARD (1981) und ADLER WIZARD (1981) sollten zwischen West Palm Beach in Florida und Freeport auf den Bahamas eingesetzt werden. Die Einheten wurden zwar angekauft, aber sie kamen nicht zum Einsatz. Anfang der 2000er Jahre erhielt die Reederei zudem zwei neue Flaggschiffe: Die beiden Schwesterschiffe ADLER BALTICA (1970) und ADLER NORDICA (1972) nahmen den Verkehr ab Usedom auf. Mit diesen Schiffen konnte nun auch eine Verbindung nach Bornholm realisiert werden. Die 2003 erworbene MÖNCHGUT (1981)  betreibt seither die Strecke zwischen Peenemünde, Sellin, Binz und den Rügener Kreidefelsen.

Nach dem Ende des Duty-Free-Geschäfts durch den EU-Beitritt Polens 2004 ergaben sich für das Unternehmen einige Änderungen. Das führte zu geringerem Fahrgastaufkommen und zum Verkauf, zur Vercharterung sowie zur Stilllegung einiger Schiffe. Einige Einheiten wurden über lange Zeit aufgelegt. So hatte man für die große ADLER NORDICA zunächst Beschäftigung in Form eines Chartereinsatzes zwischen Kopenhagen und Malmö gefunden. Als das Schiff Anfang 2006 wieder zur Flotte stieß, setzte man es kurzerhand wieder zu seinem ursprünglichen Bestimmungsort ein: der Hochseeinsel Helgoland. Damit stieg die Reederei erstmals auch in den Helgolandverkehr ein. Als PIDDER LYNG hatte das Schiff bereits zwanzig Jahre lang den Helgolandverkehr von den nordfriesischen Inseln nach Helgoland übernommen und wurde nun für diese Aufgabe reaktiviert. Auch einige Fahrten von Esbjerg zur Hochseeinsel wurden durchgeführt. Allerdings entwickelten sich die Fahrgastzahlen nicht wie erhofft. Im folgenden Jahr wurde die ADLER NORDICA an die Förde Reederei Seetouristik verchartert und von Bremerhaven aus eingesetzt. Nach einer Charter als Wohnschiff 2009 wurde sie zum Dauerauflieger in Peenemünde. 

Im Jahr 2008 wurde die Flotte dann wieder erweitert: Mit der BOSMAN EXPRESS (1993) wurde wiederum eine spezielle Einheit in Form eines Tragflächenbootes angekauft, dass bis 2015 die Strecke zwischen Stettin und Swinemünde bediente. Mit der Übernahme der Reederei Clermont in Wismar kamen 2010 die vier Einheiten HANSEAT (1999), HANSESTADT WISMAR (1992), MECKLENBURG (1997) und INSEL POEL (1989) hinzu. Hafenrundfahrten in Wismar und Fahrten zur Insel Poel erweiterten das Angebot. Die INSEL POEL, in LÜTTE ADLER umbenannt, wurde daraufhin zwischen 2011 und 2013 für Hafenurundfahrten in Husum genutzt. 2011 wurde die Flotte durch die Motoryacht MERKUR II (1966) bereichert, die seitdem Charterfahrten ab Rostock und Warnemünde anbietet. Im Jahr 2013 bekam die Flotte erneuten Zuwachs auf der Insel Rügen. Durch die Übernahme der Reederei Ostsee-Tour wurden deren Schiffe CAP AKRONA (1979) und BINZ (1967) in die Flotte eingegliedert und ermöglichen bis heute Fahrten zum Kreidefelsen und Kap Arkona. Gleichzeitig war die Reederei bemüht, für die aufliegenden Schiffe neue Einsatznöglichkeiten zu finden. Für die DANIA gelang dies: Sie wurde zum Eventschiff umgebaut, in KOI umbenannt und übernimmt die Aufgabe als Eventschiff an Nord- und Ostsee. Die ADLER PRINCESS wurde 2017 gemäß dieses Konzeptes ebenfalls modernisiert.

Das Angebot im Helgolandverkehr, seit 2013 an einzelnen Tagen von der ADLER-EXPRESS durchgeführt, entwickelte sich zunehmend so positiv, dass durch den Erwerb des ADLER CAT (1999) im Jahr 2018 wieder eine regelmäßige Verbindung angeboten wird. Mit der Übernahme der Reederei Rahder aus Büsum wurde nicht nur der dortige Ausflugsverkehr übernommen, mit der LADY von BÜSUM (1980) stand ein weiteres Helgolandschiff zur Verfügung. Aufgrund der Konkurrenzsituation mit der Reederei Cassen Eils gründeten beide Reedereien die Adler & Eils GmbH & Co. KG am Standort Büsum und agieren dort seither gemeinsam. Diese Reederei übernimmt auch den Helgolandverkehr ab Wilhelmshaven und Hooksiel. Das Helgolandangebot wurde durch den Ankauf des ADLER JET (2003) in der Saison 2022 noch erweitert. Dieser zweite Katamaran, der auch ab Norddeich und Norderney nach Helgoland im Einsatz war, wurde allerdings Ende 2024 wieder verkauft. 

Zur Saison 2019 ging die Reederei eine Langzeitcharter für den Neubaukatamaran der Wyker Dampfschiffs-Reederei, der ADLER RÜM HART (2019), ein. Mit dieser Einheit sowie der ADLER-EXPRESS und der ADLER CAT ergeben sich nun viele unterschiedliche Verbindungsmöglichkeiten im nordfriesischen Wattenmeer. Darüber hinaus wagte das Unternehmen mit der Charter des Expeditionsschiffes QUEST (1992) im Jahr 2020 unter dem Namen Adler-Expeditions eine neue Vermarktung von Fahrten auf der Nordsee als 5-Tages-Expeditionen von Hamburg über Helgoland und die Halligen bis nach Sylt. Seit 2021 arbeitet man eng mit der Apollo GmbH Fahrgastreederei aus Peenemünde zusammen. Mit den drei Einheiten LABOE (1984), HEIKENDORF (1983) und SCHWENTINE (2008) der Schlepp- und Fährgesellschaft Kiel wurden zudem in den letzten Jahren weitere Schiffe für den Einsatz auf der Ostsee und dem Nord-Ostsee-Kanal erworben. Die Reederei Adler-Schiffe ist heute eine der größten Ausflugsreedereien an der Nord- und Ostseeküste.

Quellen: Stefan Lipsky (2015) Als die „Adler“ schwimmen lernten, Adler-Schiffe.de/Historie